一、上海高校发展目标与愿景研究（发展目标研究、分类管理， 每个学校都能够办出特色、提高水平）
1、高校按目标分类管理体制研究
2、各类高校卓越教育行动研究
3、行业共建特色院校体制研究
4、高职、技术本科和专业学位研究生联合办学体制研究
二、上海高校现代大学制度探索研究
1、发挥大学学术权力作用、克服大学行政化倾向研究
2、高校依法自主办学的内涵及体制突破研究
3、民办高校完善法人治理结构探索
4.高等学校绩效工资为主的分配制度改革成效跟踪研究
5、部属院校与地方院校合作办学体制研究
6、公办院校与民办院校合作办学体制研究
三、上海高校教学改革与人才培养研究
1、高等学校实践“育人为本”、“德育为先”行动研究
2、各类高校教师来源多元化体制研究
3、高校因材施教、开发学生潜能方法、途径研究
4、大学生学习动力激励机制和方法、途径研究
5、提高高校德育吸引力、针对性和实效性方法、途径研究
6、民办高校教师队伍建设多种模式研究
四、上海新一轮高考招生制度改革研究
1、高校自主招生、多元评价多种模式探索、实践研究
2、高校联考、招生多种模式探索、实践研究
3、高校实施“宽进严出”招生制度改革研究
五、民办高校发展体制机制研究
1、民办高校拓宽资源来源渠道及体制研究
2、民办高校可持续、健康发展机制研究
3、民办高校财务制度和经费使用体制研究
（注：一级标题为总课题，一二级标题为子课题。总课题必须以一所学校为主承担，多校合作研究；子课题可一校独立，提倡合作）